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서울중앙지검은 “반부패수사2부(부장 정용환)는 올해 4월 초순 도이치모터스 주가조작 의혹 사건의 계좌 관련자를 조사하는 과정에서 주식거래 경위를 조사한 사실이 있다”며 “그러나 담당 수사관이 이 사건과 무관한 윤 전 총장의 처가 사업과 관련된 질문이나 조사를 했다는 보도 내용은 전혀 사실이 아니다. 사실관계에 대한 억측이나 논란의 우려가 있어 알린다”고 17일 밝혔다.
앞서 일부 언론은 이날 도이치모터스 주가조작 의혹을 담당하던 한 검찰 수사관이 이에 연루된 A씨를 조사하는 과정에서 이와 무관한 윤 전 총장 처가의 사업체에 대한 압박 질의를 펼쳤다는 의혹을 제기했다. 이에 A씨는 수사팀에 “사실상 별건 수사 아니냐”라고 강력 항의해 해당 수사관이 교체됐다고 보도했다.
이와 관련 윤 전 총장 가족 측 변호인은 이달 초 입장문을 통해 “김씨의 도이치모터스 시세조종 의혹 건 등에 대해 중앙지검 특수부에서 1년 3개월간 관련자 수십 명을 반복 소환해 조사에 조사를 거듭하고 별건 수사까지 계속 시도하면서 무리한 수사가 지속되고 있다”며 “그럼에도 불구하고 별다른 혐의점이 없으면 마땅히 수사를 종결해야 할 것임에도 계속 수사 중인 상태로 두고 있다. 이는 결국 과거의 정치공작 행태와도 별다르지 않은 것”이라고 비판하기도 했다.